广义上，与人的利益相冲突的生物都可以称之为有害生物，因此有害生物的历史可以说与人类历史一样长，但是将城市有害生物防治作为一项商业活动来经营的历史并不长，最早的记载发生在19世纪中期的美国，距今大约一个半世纪。中国系统进行有害生物防治的历史可以追溯到从新中国成立初开创并延续至今的爱国卫生运动。为了增进人民健康，甩掉“东亚病夫”的帽子，党和政府定期开展防治家栖鼠、蚊虫、苍蝇、臭虫/蟑螂等的“除四害”活动。我国人均寿命从在新中国成立时的35岁到2001年的71.8岁，半个世纪增加一倍多，完成了发达国家几百年走过的历程。成果的取得除了有科技进步的因素外，全社会开展的爱国卫生运动有不可磨灭的贡献。中国的有害生物防治业是是改革开放的产物。随着我国从计划经济向市场经济转型，以行政动员为主导模式的除四害活动渐渐不能适应社会变化，而经济的发展使得某些单位对有害生物防治的标准更加严格并且要求常年防治，不满足于一年2次的政府发动，社会的变化催生了中国的PCO。在20世纪80年代后期、90年代初期，国内大城市、沿海发达城市陆续出现了以四害防治、白蚁防治为主的商业有害生物防治服务。武汉市最早是1986年成立了民营有害生物防治企业，1992年在长江三峡游轮上召开的“全国除四害研讨会”上，武汉康卓科技开发有限公司（时为武汉康卓实用医学研究所）的袁光明先生提出有害生物防治应当市场化、专业化和法制化，首次在中国推广PCO概念。中国各地在邓小平总书记南巡讲话鼓舞下，各地PCO服务机构纷纷成立，官办、民营、个体一起上。2002年中华预防医学会媒介生物学及控制学分会PCO学组成立、中国PCO行业第一本专著《有害生物防治（PCO）手册》的发行，标志着中国PCO产业的诞生。
早期的PCO企业最大的挑战是向社会宣传PCO理念，解释为什么灭鼠需要收费，因为单位和居民都认为除四害是国家的事，应当是免费提供给社会的。本阶段PCO企业的业务主要是向各级政府部门、市场销售杀虫灭鼠药品为主，单个PCO企业的服务收入最高不超过20万元，利润率较高。
随着市场启蒙完成，国内PCO市场开始缓慢增长。由于PCO企业小、缺乏核心技术和管理，行业进入门槛低，炒老板鱿鱼的员工、退休专业人员、下岗、进城农工等纷纷创办自己的PCO企业，而市场还在培育期，容量有限。于是大家祭起最原始、最有效的竞争武器：价格战。20世纪90年代末至21世纪初几年，PCO市场可以说是红海一片，大家都陷入绝望，有人大声哀叹，“PCO路在何方？” 此是中国PCO发展的第二阶段：恶性竞争。
亚洲金融危机结束后，我国进入了经济发展快车道，PCO市场急剧扩大，避免了中国PCO业重蹈影碟机等行业发生的出生未捷身先死的悲剧，进入了发展的第三阶段。本阶段的特点是PCO市场的扩大来自连锁餐饮、超级卖场、合资/独资企业等需求，此类客户有先进的PMP理念，对PCO公司有系统严格的要求，通过招标等手段规范PCO服务，各级政府也推出了花钱为市民社区、公共环境购买PCO服务的举措。在市场的推动下，发展基础较好的PCO公司纷纷加强自身建设、制定服务流程和培训计划，步入良性发展的轨道。在中国鼠害与卫生虫害协会的努力下，国家社会与劳动保障部出台了《有害生物防治员》国家职业标准，进一步推动我国PCO行业的规法发展。
目前北京、上海、广州、深圳等一线城市都已有注册的PCO公司200家以上，按每公司10位从业人员计算，加上未登记的小PCO企业和从业个人，估计此类一线城市PCO从业人数已达3,000人左右。据2008年底美国纽约市统计，该市从事PCO服务的人数也是在3,000人左右。 中国发达大城市的PCO从业人数已经与国际接轨，但是我们的劳动生产率差得很远。我国目前PCO企业的劳动生产率平均是6-7万元人民币/人，美国大约是8-9万美元/人。除去汇率、收费标准等因素外，国内PCO企业的劳动生产率至少比发达国家低2-3倍。北京、上海、广州、深圳等一线城市PCO市场按人均6万产值、3,000从业人员计算，市场规模为2亿左右，预计年增长率为30%左右，至少还有10年的稳定增长期。内地二、三线城市起点低、经济增长阶段长，对应的PCO市场增长期将更长。我们国家的有害生物防治商业市场仍是全球最有潜力的市场，PCO行业的许多问题也将在发展中解决。
