害鼠可以传播多种病毒性和细菌性疾病，包括鼠疫和出血性肾综合症，在鼠害严重的季节和局部地区，老鼠还会咬人，人的身体健康造成直接危害。
鼠类间接为害主要是指对人类的生产经济活动造成损失，表现在以下三个方面：
农业上
鼠类为杂食性动物，农作物从种到收全过程中和农产品贮存过程中都可能遭受其害。多在晨昏活动。有的专吃种子和青苗，如大家鼠(Rattus norvegicus)、社鼠(R.niviventer)、 黄毛鼠(R.rattoides)、小家鼠(Mus musculus)、黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)和大仓鼠(Cricetus triton)等；有的以植物的根、茎为食，如鼢鼠(Myospalax spp.)和鼹形田鼠(Ellobius talpinus)等；有些鼠类喜食粮油作物种子，如小家鼠、黑线姬鼠(Apodemus agrarius)和黄胸鼠(Rattus flavipectus)等。世界各地的农业鼠害造成的损失，其价值相当于世界谷物的20%左右。[1]
林业上
主要是食害树种；啃咬成树、幼树苗,伤害苗木的根系,从而影响固沙植树、森林更新和绿化环境。林业上的主要害鼠有红背鼠(Cle-thrionomys rutilus)、棕背鼠（C.rufocanus）、花鼠(Eutamias sibiricus)、 松鼠 (Sciurus vulgaris)和林姬鼠（Apodemus sylvaticus）等。
牧业上
牧业上的害鼠主要有黄兔尾鼠(Lagurus luteus)、达乌尔黄鼠(Citellus dauricus)、旱獭(Marmota spp.)、黑唇鼠兔(Ochotona curzoniae)、布氏田鼠(Microtus brandti)和鼹形田鼠等。主要是大量啃食牧草，造成草场退化、载畜量下降、草场面积缩小。沙质土壤地区常因植被被鼠类破坏造成土壤沙化；鼠类的挖掘活动还会加速土壤风蚀，严重影响牧业的发展和草原建设的进行。此外，鼠类还是流行性传染病的潜在宿主，直接威胁着畜牧业的安全。鼠类有终生生长的门齿，具有很强的咬切力，它们也能对农业建筑物和一些农田水利设施造成很大危害。
化学防治
主要是使有毒物质进入害鼠体内，破坏鼠体的正常生理机制而使其中毒死亡。效果快、使用简便、广泛用于大面积灭鼠时能暂时降低鼠的密度和把危害控制在最小程度。缺点是一些剧毒农药能引起二次甚至三次中毒，导致鼠类天敌日益减少，生态平衡遭到破坏；在使用不当时还会污染环境，危及家畜、家禽和人的健康。常用药物中的肠道毒物有磷化锌、杀鼠灵、敌鼠钠盐等；熏蒸毒物有氯化苦、氰化氢、磷化氢等。大隆（溴联莱杀鼠迷）灭鼠剂在农田灭鼠中的效果尤佳。 同一种灭鼠药毒饵不可以连续使用
对于传统的灭鼠方法，同一种灭鼠药毒饵为什么不可以连续使用？
老鼠采食毒饵中毒死亡后，尸体中尚有残留毒饵的化学成分，毒饵化学成分即使痕量它的基本物理性质不变。其它老鼠发现死鼠时仍就可以嗅到除老鼠正常气味外毒饵化学成分的特殊气味。老鼠智商比人差不了许多，是非常聪明的哺乳动物，它的嗅觉非常敏锐，具有很强的气味辨别能力与记忆力。老鼠能够判断出同伴的死亡与化学成分的特殊气味有直接关系，并牢记，所以它不会采食嗅出死鼠体内有特殊气味的食物，它还会阻止同伴采食。即便饵料改变了，老鼠还是不会吃的。（鼠害灭鼠）
物理防治
主要利用器械灭鼠。多用于仓库、畜舍、野外动物调查等方面，常用的器械有鼠铗、鼠笼、绳套、压板、水淹、刺杀等。电流击鼠效果较慢，常用作辅助工具。
生态防治
主要是破坏和改变鼠类的适宜生活条件和环境，使之不利于鼠类的栖息和繁殖，并增加其死亡率。常用的田间措施有合理规划耕地、精耕细作、快速收获、减少田埂和铲除杂草、冬灌和定期翻动草垛等。室内措施包括设置防鼠设施以保管食品，断绝鼠粮，经常打扫和变动一些物品的位置，发现鼠窝立即捣毁和堵塞等。
此外，不孕剂和动物外激素以及超声波驱鼠等灭鼠方法也已开始试用。中国还用鼠类外激素如尿液等作为性引诱剂，与毒饵或其他捕鼠工具相配合进行。[3]
