1、病原微生物的种类：所患疾病的不同，病原微生物也不一样，不同的微生物对消毒药物的耐受力也不同。细菌芽胞耐受力最强，乙肝病毒的耐受力也很强，必须选择强有力的灭菌剂。结核杆菌、真菌孢子、肠道病毒等属中等耐受力病菌，可选用灭菌剂或中等效力的消毒剂。其它细菌繁殖体和螺旋体、立克次体、亲脂性病毒等的耐受力差，一般消毒剂都能将其杀灭。
2、化学消毒剂的特性：一般根据消毒剂杀灭微生物能力大小分为三类。高效消毒剂可用于杀灭细菌芽胞、乙肝病毒等。中效消毒剂可用于杀灭结核杆菌、真菌孢子、肠道病毒等。低效消毒剂还用于浸泡医疗器械及用于减少粘膜刺激的粘膜消毒等，目的是抑制病菌生长，但放置过久会逐渐失效，病菌可以复生，必须注意及时更换。
3、被消毒的对象：有色纺织品一般不用漂白粉等含氯制剂（因有漂白作用）；油漆表面不用石炭酸等；食品、餐具不用有毒、有臭味的消毒剂；粪便、痰液一般不用可使蛋白质凝固的消毒剂，如乙醇等；粘膜不用刺激性较强的消毒剂；居室空气可用挥发性的福尔马林或过氧乙酸溶液消毒；皮毛、纸张可用穿透力强的环氧乙烷气体消毒。
除上述选取消毒剂应考虑的内容之外，市售各种化学消毒剂，一般在说明中都标有原液浓度、使用浓度、使用方法、杀灭的主要病菌、消毒效果、使用注意事项的内容，可供选购参考。不可使用三无产品（无说明、无厂家、无生产日期）。